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sNuc-seq 使用Nadia 平台对细胞核转录组进行高通量分析
时间:2019/6/25 21:54:40 点击次数:1317

Habib 最近发表的 “DroNc-Seq” 方法描述了使用细胞核作为整个细胞的代理,以产生数千个单核转录组。这可以对不易分离或固定的细胞实现高通量的单细胞测序。与Drop-Seq 方案类似,用单个带有编码的珠子同单个核一同封装在一起(图1)。珠子的表面分布着含有(dT)30 片段的寡核苷酸,它可以捕获多腺苷酸化的mRNA,其在乳液破裂后被逆转录成cDNA。每个珠子除了带有唯一的barcode 编码,还带有不同的UMI 位点识别编码,不仅可以识别单个细胞或细胞核,还可以识别来自细胞或细胞核的哪个转录组结合位点。与Drop-Seq 方案一样需要作出权衡,可以使用较稀浓度的细胞核和较高浓度的捕获珠,降低双细胞核概率,或者使用较高浓度的细胞核和捕获珠,提高捕获效率,但是会增高双细胞核概率。

 


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